Pour moi, ça dépend du contenu du mail :
C'est soit au dessus du mail (la majorité des cas), soit entre les lignes avec un >>> ou une couleur dédiée.
En revanche, je connais quelqu'un qui répond systématiquement en dessous, et c'est vrai que c'est super pénible ! Quand je reçois sa réponse, j'ai toujours comme impression qu'elle a fait une fausse manip et a envoyé le mail avant d'avoir tapé son message...
je ne laisse jamais le message d'origine, et je reste toujours volontairement vague.
Ou quand il y a 15 messages imbriqués je réponds à la fin, mais avec un seul mot.
Utilisant d'une part la langue française et d'autre part respectant les conventions de la netiquette, je répond en dessous du message originel ou en intercalant les réponses.
Et j'ai très peu de considération pour les personnes qui répondent n'importe comment ; 10 ans de discussions sur Usenet laissent des traces.
Ah et puis je n'envoie que des messages au format texte, pas de HTML ou de bidule animé non plus.